Поле скидка в событии счет будет работать после выхода третьей версии приложения
На сегодняшний день можно вручную изменить цены в позициях, в описании для заказчика написать про скидку, чтобы заказчику было приятно.
Если вы используете наценку, создайте отдельную статью расхода, например общестроительные работы (со скидкой 5%), снизьте наценку по данной статье расхода на 5%.
Сумма скидки нигде отображаться не будет, но в счете будет указана статья расходов с указанием предоставляемой скидки для заказчика.

