Может ли быть два основателя компании в одном аккаунте

В аккаунте может быть только один основатель компании.
Второго контрагента вы можете добавить в приложение под категорией Партнер, добавив его во все проекты и раздел Фонд компании, для того чтобы у Партнера и Основателя компании балансы были одинаковы.